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OVITO軟件介紹
OVITO是一個(gè)針對(duì)原子和粒子模擬數(shù)據(jù)的科學(xué)可視化和分析軟件。它幫助科學(xué)家更好地了解材料現(xiàn)象和物理過(guò)程。該程序在開源許可下可在所有主要平臺(tái)免費(fèi)使用。作為分析、理解和說(shuō)明仿真結(jié)果的有力工具，它已在越來(lái)越多的計(jì)算仿真研究中發(fā)揮作用。
OVITO軟件特色
1. 消耗內(nèi)存小。相對(duì)于VESTA，VMD等軟件，消耗內(nèi)存小。導(dǎo)入大體系運(yùn)行流暢。
2. 正則表達(dá)式。正則表達(dá)式功能使得OVITO對(duì)結(jié)構(gòu)的操作靈活自由。
3. 豐富的內(nèi)置函數(shù)。豐富的內(nèi)置函數(shù)使其具有強(qiáng)大的分析功能。
OVITO使用教程
【如何利用 OVITO找弗倫克爾缺陷】
利用 OVITO 找弗倫克爾缺陷對(duì)需要準(zhǔn)備兩個(gè)文件：一個(gè)是結(jié)構(gòu)演化前的坐標(biāo)文件，一個(gè)是結(jié)構(gòu)演化過(guò)程的坐標(biāo)文件(這個(gè)是利用 LAMMPS 的 dump 命令進(jìn)行輸出)。以我上次最后給出的演化示意圖的制作為例，一共用到了 OVITO 的十個(gè)功能，我在下方圖中標(biāo)了出來(lái)。具體操作過(guò)程如下：
將演化過(guò)程的文件導(dǎo)入 OVITO 軟件后，選取下圖2中標(biāo)注 1 處(Filecontains time series)，告訴 OVITO 該文件是個(gè)演化過(guò)程文件，隨后選擇下圖中標(biāo)注 2 處(Add modification)，這里面幾乎包含了 OVITO 軟件的所有功能，有興趣的同學(xué)可以去探索一下。在圖2 中標(biāo)注 2 處里面找到并選取 Wigner - Seitz defect analysis (這也是 NC 文章中所提到的缺陷分析方法);
接著點(diǎn)擊下圖 標(biāo)注 5 處導(dǎo)入演化前的結(jié)構(gòu)文件。然后會(huì)在圖3 中標(biāo)注 6 處發(fā)現(xiàn)軟件告訴你找到幾個(gè)空位和幾個(gè)間隙子(一般情況下這兩個(gè)值是相等的)，繼續(xù)點(diǎn)擊圖3 中標(biāo)注 7 處(播放鍵)，OVITO 便會(huì)自動(dòng)統(tǒng)計(jì)演化過(guò)程中每個(gè)時(shí)刻產(chǎn)生的空位數(shù)目和間隙子數(shù)目。
但是，NC 文章中的演化圖中只有空位和間隙子，并不是 Fe 原子 ~，繼續(xù)選取 Add modification 處，找到里面的 Expression select(圖4 中標(biāo)注 8 處)，選取后 OVITO 會(huì)給你一個(gè)方框，在里面填寫 Occupancy==1 (這是告訴 OVITO 讓它將沒有離開晶格位置的 Fe 原子都選中)，然后在 2 處選擇 Delete selected particles(圖中標(biāo)注 9 處)，讓 OVITO 將這些 Fe 原子都刪掉，這樣就只剩下空位和間隙子了，接著再次重復(fù)一下 Expression select 這個(gè)過(guò)程，選取 Occupancy == 2 或者 0 (這是告訴 OVITO 讓它將間隙子或者空位都選中)，然后在 Add modification 中找到 Assign color(圖4中標(biāo)注 10 處)，給選中的空位或者間隙子賦予自己喜歡的顏色，隨后再次點(diǎn)擊播放鍵，OVITO 將為你展示完整的缺陷演化過(guò)程。至于圖2 中標(biāo)注 3，4 這兩個(gè)地方，一個(gè)是輸出演化過(guò)程視頻文件，一個(gè)是輸出單張圖片。
【如何利用 OVITO 做類似 NC 文章中的位錯(cuò)環(huán)分析】
由于本人重復(fù) NC 文章級(jí)聯(lián)碰撞過(guò)程使用的體系很小，所以根本形成不了位錯(cuò)環(huán)，因此很干脆的在 Fe 當(dāng)中手動(dòng)的建了一個(gè)位錯(cuò)環(huán)，這里再給各位安利一個(gè)建模軟件，Atomsk，一款金屬材料界建模利器(多晶，晶界，位錯(cuò)以及界面等等)，有興趣的同學(xué)可以百度一下，以下是用 OVITO 展示了我用 Atomsk 建的一個(gè) Fe 的位錯(cuò)環(huán)(導(dǎo)入坐標(biāo)文件后直接在 Add modification 中選取 Dislocation analysis(DXA)即可)：
可以看到 OVITO 不僅幫忙找出了位錯(cuò)環(huán)，而且還能幫忙指出了幾個(gè)位錯(cuò)環(huán)，各個(gè)位錯(cuò)環(huán)的長(zhǎng)度以及其伯格斯矢量(對(duì)應(yīng) NC 文章的 fig.3)。
OVITO更新日志
1.修復(fù)BUG，新版體驗(yàn)更佳
2.更改了部分頁(yè)面
華軍小編推薦：
在經(jīng)歷了多次的更新與優(yōu)化，OVITO變得更加的人性化，也更加的簡(jiǎn)單易操作，華軍軟件園小編親測(cè)，推薦給大家下載，感興趣的小伙伴還可以下載樂易集成吊頂設(shè)計(jì)軟件、原木材積計(jì)算器、廣東省企業(yè)所得稅申報(bào)系統(tǒng)、派爾玻璃優(yōu)化軟件、太友CPK計(jì)算工具。
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